История сада Комиссарова начинается в 1885 году с, казалось бы, неосуществимой мечты его создателя, крестьянина-переселенца из Казанской губернии Павла Савича Комиссарова, — акклиматизировать типичные сорта среднерусских плодовых деревьев и кустарников в условиях резко континентального климата Сибири.
Не все ладилось в первые годы. Занимаясь селекционной работой, не зная грамоты, но одаренный от природы, Павел Савич вместе с семьей вывел огромное количество новых сортов, устойчивых к сибирскому климату. С начала 20 столетия сад благоухал разноцветьем различных сортов деревьев и кустарников — всего более 300 сортов. Наряду с этим немало трудов приложил садовод, чтобы убедить людей в возможностях и перспективах сибирского садоводства и лесоводства.
В разное время и по-разному решалась судьба сада за более чем 115-летнее существование. С 2004 года он переживает свое очередное возрождение.
17 мая 2013 года ректор ОмГАУ им. П.А. Столыпина Сергей Ильич Петуховский и директор по стратегическому развитию ЗАО «Основа Холдинг», депутат Омского городского Совета Игорь Александрович Антропенко подписали Соглашение о сотрудничестве в рамках депутатской программы «Наука и образование».
Сотрудничество предполагает проведение научных исследований и разработку новых технологий выращивания лесных, декоративных, цветочных культур, а также организацию производственной практики студентов- бакалавров по направлениям «Садоводство» и «Лесное дело». В планах вуза и И.А. Антропенко – к 2018 году создать в саду Комиссарова парк, который станет излюбленным местом отдыха омичей и гостей города.